العمل الرقابى : هو الوظيفه الأساسيه التى أنشئ الجهاز من أجلها , ويعتبر أعضاء الجهاز هم قضاة المال المستأمنين عليه من كافة طوائف الشعب , وفى سبيل الحفاظ على المال العام
يمارس الجهاز أنواع الرقابه الأتيه وفقاً لما كلفه
به قانون الجهاز رقم 144 لسنة 1988 المعدل بالقانون رقم 157 لسنة 1998 :
1. الرقابه الماليه بشقيها المحاسبى والقانونى.
2. الرقابه على متابعة تنفيذ الخطه وتقويم الأداء.
3. الرقابه القانونيه على القرارات الصادره فى شأن المخالفات الماليه.